El núcleo temático reside en la lucha entre la realidad y la fantasía, entendiendo esta última como todo aquello que resulta irrealizable. A través de la Zapatera, Lorca describe un espíritu femenino que pelea contra la realidad cotidiana que la rodea y, al mismo tiempo, contra sus propias fantasías cuando estas se vuelven visibles. La protagonista se encuentra asediada por la "masa del pueblo", un entorno que la circunda como un "cinturón de espinas y carcajadas", simbolizando la presión de las normas sociales sobre el individuo.
En el primer acto, se presenta la convivencia conflictiva entre la Zapatera, una joven de dieciocho años, y su marido, un zapatero de cincuenta y tres años que se casó por consejo de su hermana y no por amor. El matrimonio está marcado por las constantes riñas y las habladurías de las vecinas, quienes critican a la joven por su belleza y cuestionan su capacidad para tener hijos. Agobiado por la actitud rebelde de su esposa y el escándalo público que lo rodea, el Zapatero decide abandonar el hogar en busca de una soledad que ahora considera bendita.
El segundo acto muestra a la Zapatera meses después, habiendo transformado su casa en una taberna para poder subsistir por sí misma ante la ausencia de su marido. A pesar de ser asediada por pretendientes como el Alcalde, Don Mirlo y varios mozos, ella se mantiene fiel, confesando al Niño del pueblo que en realidad adora y extraña profundamente a su esposo. La protagonista pasa así de la insatisfacción vital a idealizar el pasado, demostrando una fortaleza interior que la convierte en una suerte de "Penélope andaluza".
La trama culmina con el regreso del Zapatero al pueblo disfrazado de titiritero, contando historias con un cartelón pintado sobre "el zapatero mansurrón". Tras una conversación en la que ambos confiesan su amor mutuo sin reconocerse inicialmente, el marido revela su identidad al verse conmovido por la lealtad de su esposa. Aunque la obra termina con un abrazo cariñoso, Lorca mantiene el carácter indómito de la Zapatera, quien vuelve a arremeter contra los vecinos y su marido, sellando una reconciliación marcada por la resistencia ante el mundo exterior.
Desde una perspectiva lingüística, la obra destaca por su "oralidad simulada", donde Lorca traslada el habla popular al texto literario con gran verosimilitud. El autor emplea el registro coloquial a través de la intensificación, utilizando recursos fónicos como onomatopeyas, alargamientos vocálicos y exclamaciones para recrear la inmediatez comunicativa. También es notable el uso de diminutivos con valores que van desde el aprecio y el afecto hasta el desprecio o la atenuación, reflejando la riqueza y espontaneidad del lenguaje granadino de la época.
Finalmente, los personajes funcionan como estereotipos heredados del teatro de cachiporra, más que como individuos con una evolución psicológica compleja. La Zapatera representa el deseo de independencia y autoafirmación femenina frente a las restricciones sociales, mientras que los vecinos actúan como un coro griego que juzga y presiona a la pareja. Al nutrirse de los recuerdos de infancia de Lorca en la Vega de Granada, la obra trasciende el sainete para convertirse en un "apólogo del alma humana" de relevancia universal.
La zapatera prodigiosa representa una ruptura con el teatro burgués de su tiempo al proponer una "tragifarsa" que mezcla lo cómico con elementos de violencia psíquica y social. Críticamente, la obra no debe verse solo como una comedia de costumbres, sino como una crítica a las estructuras tradicionales del matrimonio y a la opresión de la identidad individual por parte de la colectividad. El mayor "prodigio" de la protagonista no es su comportamiento fantasioso, sino su capacidad de resiliencia y búsqueda de autenticidad en un entorno que intenta anularla. Al final, la concepción circular de la obra, que termina con la misma actitud beligerante con la que empezó, subraya que el conflicto entre el deseo interno y la realidad social es una constante inalterable de la condición humana.
